poreflow.constants¶
Module with default configurations or constants
Module with default configurations or constants
FIGSIZE_WIDE = (8, 3)
module-attribute
¶FIGSIZE = (4, 3)
module-attribute
¶DPI = 150
module-attribute
¶MOTOR_STEP_SIZE = 0.55
module-attribute
¶COV_FORMAT = 'cov_{},{}'
module-attribute
¶COEF_FORMAT = 'coef_{}'
module-attribute
¶N_CHANNELS_MINION = 512
module-attribute
¶VOLTAGE_COL = 'v'
module-attribute
¶CURRENT_COL = 'i'
module-attribute
¶CONDUCTANCE_FIELD_NAME = 'g'
module-attribute
¶STATE_FIELD_NAME = 'state'
module-attribute
¶Y_LABELS = {'v': '$V$ (mV)', 'i': '$I$ (pA)'}
module-attribute
¶START_IDX_COL = 'start_idx'
module-attribute
¶END_IDX_COL = 'end_idx'
module-attribute
¶N_PTS_COL = 'n_pts'
module-attribute
¶START_TIME_COL = 'start_time'
module-attribute
¶END_TIME_COL = 'end_time'
module-attribute
¶DURATION_COL = 'duration'
module-attribute
¶IOS_COL = 'ios'
module-attribute
¶STEP_RATE_COL = 'step_rate'
module-attribute
¶CHANNEL_COL = 'channel'
module-attribute
¶IOS_COLOR = '.25'
module-attribute
¶RAW_PLOT_TARGET_POINTS = 100000
module-attribute
¶MEAN_COL = 'mean'
module-attribute
¶STD_COL = 'std'
module-attribute
¶DWELL_TIME_COL = 'dwell_time'
module-attribute
¶EVENT_COL = 'event'
module-attribute
¶EVENTS_DATASET = 'Events'
module-attribute
¶IOS_FIT_DATASET = 'IOS'
module-attribute
¶STEPS_DATASET = 'Steps'
module-attribute
¶STEP_IDX_COL = 'step_idx'
module-attribute
¶QUALITY_COL = 'quality'
module-attribute
¶LABEL_COL = 'label'
module-attribute
¶ONT = 'ont'
module-attribute
¶ONT_SUFFIX = '.fast5'
module-attribute
¶UTUBE = 'utube'
module-attribute
¶UTUBE_SUFFIX = '.dat'
module-attribute
¶SUFFIXES = [ONT_SUFFIX, UTUBE_SUFFIX]
module-attribute
¶ANNOT_SUFFIX = '.annot.fast5'
module-attribute
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